Las alertas de control interno son el medio por el cual los jefes de control interno, o quienes hagan sus veces, reportan los hechos, actos, contratos, programas o proyectos en donde se evidencia un riesgo de afectación o pérdida de los recursos públicos o bienes e intereses patrimoniales de naturaleza pública, mientras que la advertencia es el pronunciamiento no vinculante mediante el cual el Contralor General de la República previene a un gestor fiscal sobre la detección de un riesgo inminente de pérdida de recursos públicos y/o afectación negativa de bienes o intereses patrimoniales de naturaleza pública.